历史军事《美國科學院院報》反水了

Posted 2022-11-28 历史

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历史军事《美國科學院院報》反水了

【文/ 觀察者網專欄作者岑少宇】
4月8日，《美國科學院院報》（PNAS）發表了一篇文章，在國際學術圈與中國輿論場內，又掀起了些許波瀾。有些媒體和自媒體在報道時，將其視為病毒溯源的重要證據；與之相反，學術界卻對其有不少批評意見。
PNAS論文好眼熟
這篇題為《Phylogeic work analysis of SARS-CoV-2 genomes》的文章，與之前被部分人引為「溯源證據」的兩篇論文有些相似之處：即西雙版納熱帶植物園（版納所）的《Decoding the evolution and transmissions of the novel pneumonia coronavirus (SARS-CoV-2) using whole genomic data》，以及多位中國科學家共同撰寫的《On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2》。
看英文名字也許你還不熟悉，不過一提坊間流傳的說法——「五毒說」和「S型、L型」，大概就知道了吧。
PNAS論文的配圖
被錯誤歸納為「五毒說」的版納所文章的配圖
《On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2》的配圖
三篇論文都是根據早期樣本的基因差異建立網路，看著相似一點都不奇怪。只不過版納所和PNAS的主要歸類，都是依據網路的結構，而S型、L型的歸類則是根據兩個互相關聯的位點——8782與28144，PNAS論文的網路中，A類與B類分支也正是據這兩個位點形成的。
一些媒體與自媒體對文章的解讀也相似，認為其中某一個類群更為「古老」，進而認為「古老」類群在哪個地方多，那個地方就可能是起源地。
遺憾的是，「古老」類型的推斷並不成立。PNAS論文與另兩篇論文一樣，都用蝙蝠冠狀病毒序列RaTG13作為參考。我在之前的文章中就指出過：
大牛Andrew Rambaut一連噴了好幾條推特，以下只是其中的三條：
Andrew有一條推特尤為重要，可以直觀看到用RaTG13為什麼錯了。他用差不多時間段的156個基因組，建了一棵樹（JC69是Jukes和Cantor 1969年建立的模型），圖中右側往下一串密密麻麻的，就是新冠的分支，而上面一個孤零零的紅點，則是RaTG13，用相距這麼遠的玩意兒定根不是搞笑嗎？
在方法上，PNAS論文還廣受詬病的一點是，這麼晚還在用僅僅160個樣本，如果是2月的文章，還說得過去，可現在還發這樣的文章，遲鈍得簡直像IE瀏覽器。
版納所等文章提前上網進一步放大了PNAS論文的滯後感，但即使忽略這一點，PNAS論文確實也沒有帶來多少新東西。但後者甚至沒有提及這兩篇已有頗多討論的類似文章。
不過，我在這裡要為論文作者說兩句公道話，現在固然已經公布了大量樣本基因，但一般而言，它們對溯源並無幫助。我在最近的文章里寫過：
因此，作者沒有用上後來的幾百上千個數據，並不是什麼過錯。
但早期數據的弊病，作者也沒有克服。我曾說明：
早期樣本的數量需要增加，但如果只是在原有數據中，稍微放寬選取的時間，是沒有用的；如果新測了一些早期樣本，但這些樣本是按照舊原則確定的，同樣也沒用。簡單地說，測來測去都是市場相關、武漢相關或中國相關的病例，那麼溯源問題幾乎不會有突破性的進展。
怎麼做才有用呢？對於這樣一個存在大量輕症且可自愈的疾病，需要廣泛尋找更早的疑似病例檢測。
可見，在這樣的情況下，論文作者用的數據不多，不是什麼大問題，但在數據沒有根本性突破的時候，確實做了無用功。
PNAS論文將古生物學已有不少應用的系統發生網路，應用到病毒進化上，算是一點小小的創新。但版納所的文章用得更早，連軟體都是一樣的NETWORK（當然具體工具還是有所不同）。
系統發生網路，和一般的系統樹相比，一個比較明顯的特徵，就是樣本會出現在節點上，而樹的樣本出現在末端。系統發生網路在病毒進化中也許可以更好地反映出重組信息。
學術研究會有路徑依賴，但我想病毒學家此前沒有積極應用系統發生網路的原因，可能不只是這樣。樣本間兩兩比較地構建系統樹，也許更方便將流行病學調查的數據納入模型，而這些對病毒學研究是至關重要的。
因此，PNAS論文的這些小創新，很難得到喝彩。
這裡插播點學術八卦。學術圈很快注意到，這個古生物學方法的遷移很可能來自作者之一、古人類學者Colin Renfrew，而另外三個是Forster一家……
這篇文章呢，正巧是Colin Renfrew以美國科學院院士的身份在自家院報上「貢獻」（contribute）的。有人嘲諷說，其實誇師娘的文章都能「貢獻」到院報上，我覺得有點誇張了；但「貢獻」文章有相當一部分質量不高，這樣的說法並不誇張。
另外，《2018 年中國科學院文獻情報中心期刊分區表》把PNAS降為了2區，只把Nature和Science留在了1區。
更早幾年，有人在學術論壇上說：「PNAS是美國科學院院刊，在上面發文章，美國科學院院士有一定的特權（一年能contribute 4篇），由此導致一些不規範和不公平在所難免。現在國內一些課題組有錢，常請一些美國科學院院士過來交流訪問，然後通過這些院士在PNAS上發文章，接著拿著這些文章當作重大成果去申請經費，其中有些文章的水平連專業學科二類雜誌的水平都達不到。特權的存在是這麼多年來PNAS常被人詬病以及在一些學科領域顯得非主流的一個重要原因。」
與國內的這層關係，這是不是PNAS降區的主要原因呢？這隻能問中科院了。
八卦到此結束，回到正題。
媒體的烏龍
前面的討論或許還可歸為學術範疇，絕大部分媒體、自媒體工作者「無能為力」，但以下關鍵性誤讀還是難辭其咎的：論文作者壓根就沒有從某一「古老類群」中某地類型的多寡，去談論起源地。
對於致病微生物來說，某些分支變大，基因多樣性變高，不能單單憑此證明來源地是哪裡，我之前文章里舉過一個例子：
PNAS論文作者當然不會犯這樣的錯誤。我們可以比對論文原文與流傳的說法，看看誤讀到底是怎麼發生的。
作者在摘要里說的是：A類與C類有相當多比例在東亞以外地區被發現。相反，B類是東亞最常見的類型，B類的原始類型似乎沒有傳到東亞以外，直到最初的突變產生B類衍生型後才傳出去。這一現象指向奠基者效應或東亞以外對B類原始型在免疫上或環境上的抗性。
在正文里說的是：根據同義突變T29095C，A類可以明顯分為兩個子簇。在T突變子簇里，四個中國個體（來自華南沿海省份廣東）攜帶原始類型，三個日本和兩個美國病人與之不同，有一些突變差異。據報告，這些美國病人都在推測是爆發源頭的武漢有居住史。
C突變子簇里有相對長的突變分支，包括五個武漢個體，其中兩個顯示在原始節點裡；還包括8個來自中國和鄰國的東亞人。然而值得注意的是，C突變子簇里幾乎一半（33個裡面的15個）的類型，在東亞以外被發現，主要在美國和澳大利亞。
一些媒體、自媒體說A類里「更多」「主要」的是美國、澳大利亞，實在離譜。仔細看原文就能發現，作者講到美澳時，只是提了其中一個子簇，而東亞以外的樣本，甚至還不到這個子簇的一半。
我都懷疑作者是不是寫錯了，在那張圓圈大小代表的樣本數沒有具體標註、T子簇與C子簇也沒有標註的爛圖上，根本看不清楚啊，一下子還真數不出15/33。
我乾脆下了數據表格看，給中國的標上紅色，總共12個，包括台灣、香港各1，給美國的標上藍色，給澳大利亞標上紫色，給歐洲標上綠色。作者原來沒寫錯，非東亞還真是15/33，其中美國7個，澳大利亞5個，兩者相加比C子簇總數的1/3，也就是11個多1個。
所以，美澳的「主要」是指A類中的C子簇中的非東亞樣本中的「主要」。可一些媒體和自媒體，竟然直接把中間內容全部砍掉了。
此外，從上面兩段引文里還可以看到，作者指出A類T子簇、C子簇的原始類型，中國都有份。不管A類是否真的「古老」，從這篇文章中，也無法得出令人滿意的關於起源的確切結論。
早在探討版納所論文時，就有不少學者指出，美國和廣東最早的病例，雖然因為錯誤的定根而被誤認為更「原始」，但都有武漢旅行史，而且發病時間晚於武漢早期病例。所以，很難說是從那裡傳到武漢的。
但我們也不能斷言，就一定是武漢傳過去的，新發現一批早期樣本，就有可能產生顛覆性的結果。
這可以充分說明，如我前面所言，早期樣本缺失帶來了多麼大的困境。
總體而言，這篇論文和先前的類似論文一樣，由於方法上的缺陷，在學術圈「收穫」了一堆批評，而媒體則由於誤讀，又鬧了一次烏龍。
科學的結論依然是，根據現有證據，不知道新冠病毒確切的起源。
政治與科學
有的朋友也許會問，新冠病毒起源問題已經政治化了，怎麼能就科學談科學呢？
然而，科學問題是基礎，如何做出政治決策是要建立在科學基礎之上的。輿論戰就是戰爭，你可以把各種論據比作彈藥，科學家和科普工作者就是彈藥專家。他們有義務告訴指戰員們，哪些彈藥威力巨大，哪些彈藥可能是啞彈，哪些彈藥甚至可能會炸膛。至於在了解彈藥性能後，指戰員如何使用，那就是政治範疇了。
你也可以把一篇論文，視作輿論戰的一處戰場，科學家和科普工作者的任務就是勘察戰地，必須報告指戰員：哪些地形有利，可以大作文章；哪些地形不利，不妨避戰；還有哪些地形可能依然處於迷霧中，情況不明，需要慎重對待。
但是地形不利，地形不明，或許也可以「兵行險著」，也可能會取得戰果，這些也是政治決策者的工作。
反過來說，如果科學家和科普工作者，出於某種政治目的，刻意錯誤解讀論文，也就是給出了錯誤「情報」。這樣不僅沒有干好自己的本職工作，反而有越俎代庖之嫌。
也有的朋友或許會說，那這些情報完全可以寫內參啊，為什麼要在公共領域裡發布呢？
這也許要歸結為新媒體時代的特殊性。如今的輿論戰有官方和民間兩種力量。「民間武裝」可以當好一個免疫系統，與癌細胞（境內謠言）和病原體（境外輸入謠言）作鬥爭。現在，極少數「民間武裝」還有走出國門、反駁謠言的可能。
「民間武裝」的這些行動，同樣需要「情報支持」。然而，他們不受官方節制，與官方不通情報，如果科學家和科普工作者只通過內部渠道向官方提供信息，這些「民間武裝」就得不到可靠的「情報」。
因此，在公共平台上，還是有必要堅持科普，堅持實事求是。至於「民間武裝」收到情報後，如何決策，如何行動，那是他們的權利。
也有人擔心，這些「情報」不會被別人利用嗎？當然有可能，但因此而閉塞信息，實在不符合互聯網精神，也沒有更好的辦法，向這麼廣大的「民間武裝」提供情報。
而且，目前沒有證據證明任何一個國家是病毒源頭，這些「情報」並不能被敵人用作實錘。有些美國人倒是想「兵行險著」，妄言源頭，妄用名稱，已經吃了從WHO、中國到美國國內反對派的很多批評。
最後不得不提的是，政治化也許已經徹底阻絕了找到源頭的可能。如前所述，要找源頭，最需要的是突破早期診斷標準的限制，各國都應該去「偷墳掘墓」，但政治化後，恐怕誰都不想去做「吃力不討好」的事。
政治化真真切切地阻礙了「人類衛生健康共同體」的構建，這一共同體事關每個人的福祉，誰有理由不譴責這樣的政治化呢？

历史军事 《美國科學院院報》反水了

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